本发明涉及一种半滑舌鳎性别特异微卫星标记及其在超雌鱼鉴定中的应用,其特征在于,微卫星标记的核苷酸序列分别为SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2;用于扩增特异微卫星标记的引物,其上下游引物序列分别为SEQ IDNO:3、SEQ ID NO:4。把引物用于半滑舌鳎雌雄个体的鉴定,超雌体的扩增产物片段为218bp,雌性半滑舌鳎的扩增产物为2个DNA片段,大小分别为216-220bp和204-208bp;雄性半滑舌鳎的扩增产物为1个DNA片段,大小为204-208bp。本发明筛选到了半滑舌鳎W和Z染色体的特异性微卫星标记,并设计了微卫星引物。利用该微卫星标记可以快速的鉴定半滑舌鳎ZW雌鱼、WW超雌鱼以及ZZ雄鱼,解决了半滑舌鳎性别控制和单性苗种培育中难以进行WW超雌和ZW正常雌鱼鉴定的难题。