本发明属于植物基因工程领域。具体的说，本发明涉及一种利用图位克隆技术克隆水稻SUI1（Shorted Uppermost Internode1）基因，以及利用转基因互补实验鉴定该基因的功能；同时还涉及利用该基因调控水稻最上节间长度，用以解决杂交稻育种过程中不育系的包颈问题，降低制种成本，提高稻米品质。进一步而言，本发明公开了一种水稻最上节间长度调控基因SUI1编码的蛋白质，该蛋白质具有Seq ID No：3所示的氨基酸序列。本发明还公开了编码上述蛋白质的基因，该基因具有Seq ID No：1和2所示的核苷酸序列。该基因能被用于构建转基因水稻，所得转基因水稻的最上节间长度被改良。
