本发明公开了一种鉴定烟草sua‑CMS胞质雄性不育系的分子标记,选自orf82、orf103、orf115a、orf100、orf115b、orf191,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1~6所示。本发明还公开了可特异性扩增该分子标记的特异性引物sp1、sp2、sp3,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.7~12所示。利用本发明的分子标记可鉴定烟草sua‑CMS胞质雄性不育系(鉴定方法为:以叶片基因组DNA为模板,利用三对特异性引物之一进行扩增,检测是否扩增出特异性条带),高效并且程序简化,结果可用于sua型烟草细胞质雄性不育系分子标记辅助育种,也为烟草专一细胞质种性鉴定提供了技术支撑和理论依据。