本发明公开了鉴别或辅助鉴别花脸蘑原生质体单核体交配型的方法及其专用引物对IS-873。本发明提供的鉴别或辅助鉴别花脸蘑原生质体单核体交配型的方法,包括如下步骤:分别以待鉴别的两株花脸蘑原生质体单核体的基因组DNA为模板,用由SEQ ID No.1和2所示的PCR引物对进行PCR扩增,检测所得到的PCR产物的大小,如果所述待鉴别的两株原生质体单核体的PCR产物均含有500bp-600bp的DNA片段或均不含有500bp-600bp的DNA片段,该两株花脸蘑原生质体单核体的交配型相同;如果所述待鉴别的两株原生质体单核体中的一株待鉴别的花脸蘑原生质体单核体的PCR产物含有500bp-600bp的DNA片段,另一株待鉴别的花脸蘑原生质体单核体的PCR产物不含有500bp-600bp的DNA片段,该两株花脸蘑原生质体单核体的交配型不同。