A method of managing geometric misalignment in an x-ray imaging system having an x-ray light source, a photon counting x-ray detector and an intermediate collimator structure of the x-ray path between the x-ray light source and the x-ray detector is provided. The x-ray detector consists of a plurality of pixels, the collimator structure consists of a plurality of collimator cells, each of at least one subset of the collimator cells corresponding to an N x M matrix of pixels, wherein at least one of N and M Greater than one. The method monitors an output signal from a pixel of a specified subset of pixels for a specified subset of pixels that includes two or more pixels that are differently affected by shadowing from the collimator structure due to geometric misalignment (S1). And determining the occurrence of geometrical misalignment based on the output signal monitored from the pixels of the specified subset of pixels (S2).x-선 광원, 광자 계수 x-선 검출기 및 x-선 광원과 x-선 검출기 사이에서 x-선 경로의 중간 콜리메이터 구조를 갖는 x-선 영상화 시스템에서 기하학적 오정렬을 관리하는 방법이 제공된다. x-선 검출기는 다수의 픽셀로 구성되고, 콜리메이터 구조는 다수의 콜리메이터 셀로 구성되며, 콜리메이터 셀의 적어도 하나의 서브셋 각각은 픽셀의 N x M 매트릭스에 상응하고, 여기에서 N과 M 중 적어도 하나는 1 초과이다. 그 방법은 기하학적 오정렬로 인한 콜리메이터 구조로부터의 쉐도잉에 의해 상이하게 영향을 받는 둘 이상의 픽셀을 포함하는 픽셀 중 하나의 지정된 서브셋에 대해, 픽셀 중 지정된 서브셋의 픽셀로부터 아웃풋 신호를 감시하는 단계(S1) 및 픽셀 중 지정된 서브셋의 픽셀로부터 감시된 아웃풋 신호에 기초하여 기하학적 오정렬의 발생을 판정하는 단계(S2)로 구성된다.