The present invention relates to a fermented germinated bean extract containing coumestrol, a manufacturing method thereof, and a composition comprising the fermented germinated bean extract. The fermented germinated bean extract of the present invention is confirmed to be effective to protect liver cells by measurement in vitro anti-oxidizing activity and cell survival rate for liver toxicity, implementation of a haematological test, and measurement of MDA, GST, GSH, SOD, CAT or the like on an animal model. Also, the fermented germinated bean extract effectively increases bone density by increasing mineral content of bone, increases thickness and the number of trabecular bones, and mitigates menopausal symptoms.본 발명은 쿠메스테롤을 함유하는 발아 발효콩 추출물, 그의 제조방법 및 상기 발아 발효콩 추출물을 포함하는 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 발아 발효콩 추출물은 간독성에 대하여 in vitro 항산화활성과 세포생존율 그리고 동물모델의 혈액학적 검사, MDA, GST, GSH, SOD, CAT등의 측정을 통해 간세포 보호에 효과적임을 알 수 있다. 또한 골의 미네랄 함량을 증가시켜 골의 밀도가 유의적으로 증가하며, 해면골의 두께와 수를 증가시키는 효과를 갖는다. 또한 갱년기 증상을 완화시키는 효과가 있다.