本发明涉及生物技术领域,尤其涉及一种大豆DGAT2基因外显子编辑位点及其应用。本发明的大豆DGAT基因的编辑位点的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明的编辑位点能被sgRNA介导的Cas9核酸内切酶靶向识别并实现基因组DNA的双链断裂,从而诱发DNA损伤修复机制,在修复过程中造成基因敲除或敲入等,最终达到对基因组DNA进行修饰的目的。本发明提供的DGAT2基因外显子的编辑位点,为对该基因进行外显子编辑提供了有效的靶标,创制不同的等位基因突变体,为调节DGAT2的表达量以改变大豆的油脂成分提供了新策略,也为培育大豆新品种和提高大豆甘油二酯提供了可靠的手段和素材。