本发明公开了一种H7N9亚型禽流感亚单位疫苗的制备方法及应用;本发明的H7N9亚型禽流感的亚单位疫苗,其为融合蛋白,所述融合蛋白包括H7N9亚型禽流感病毒抗原HA1-2蛋白和具有佐剂效应的鼠伤寒沙门菌Ⅰ型鞭毛蛋白fliC。所述融合蛋白具有如下氨基酸序列:(1)由SEQ ID No.2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;或(2)与序列SEQ ID No.2限定的氨基酸序列同源性在80%至100%编码相同功能蛋白质的氨基酸序列;或(3)SEQ ID No.2所示的氨基酸序列经增加、缺失或替换一个或多个氨基酸具有同等活性的由(1)衍生的蛋白。本发明表达融合蛋白的周期短且具有良好的免疫原性。