本发明属于水产生物技术领域,具体的说是一种海湾扇贝耐热相关热休克蛋白70基因标记及其辅助育种方法。海湾扇贝耐热相关热休克蛋白70基因标记为序列表SEQ ID No.1碱基序列所示,起始密码子上游第83个碱基A、第408个碱基T、第480个碱基A、第967个碱基G、第999个碱基C、第1107个碱基T、第1108个碱基A和第1248个碱基A为抗热基因位点。本发明首次筛选了海湾扇贝热休克蛋白70基因启动子区的多态性位点并发掘了耐热相关基因标记,建立了耐热基因标记辅助育种方法。本发明具有针对性强、选育效率高、操作简便快捷等特点,适用于贝类耐热相关标记的筛选和耐热优良品种的选育。