本发明公开了一种具有草甘膦耐性的基因及其应用。该基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5及其保持抗草甘膦活性的突变基因,以及编码的蛋白质氨基酸序列分别为SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:6及其在第280到294位的保守区1、第416到433位的保守区2中氨基酸突变,利用该来自于植物的具有草甘膦耐性的基因及其突变制备抗/耐草甘膦植株,可以明显的显示出抗/耐草甘膦效果,这为培育抗/耐草甘膦除草剂作物提供了新的选择,增加抗/耐草甘膦除草剂转基因技术的多样性,从而降低了抗/耐除草剂转基因技术的生态风险。