十二对黄绿卷毛菌微卫星引物的设计、扩增与测序方法

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专利权人:

中国科学院西北高原生物研究所

发明人:

邢睿,高庆波,张发起,陈世龙

申请号：

CN201610328310.5

公开号：

CN105969862A

申请日:

2016.05.18

申请国别(地区):

中国

年份:

2016

代理人:

李艳华

摘要：

本发明涉及一种十二对黄绿卷毛菌微卫星引物的设计、扩增与测序方法，该方法包括以下步骤：⑴使用改良的CTAB法提取三个相互之间地理间隔超过300 km的黄绿卷毛菌居群的基因组DNA；⑵从三个居群中各随机选取一个个体的基因组DNA混合，检测总DNA的质量，并制备基因文库，经库检合格后，进行Illumina HiSeq^TM2500测序；⑶测序数据拼接完成后，使用SR search 软件检测总DNA序列中简单重复序列SSR并运用primer3进行引物设计；⑷采用温度梯度法获得退火温度为50~60℃的SSR引物；⑸利用SSR引物对三个居群的黄绿卷毛菌基因组DNA分别进行PCR扩增，并进行测序、验证，获得具有多态性的12对引物；⑹计算等位基因数N_a、单倍型多样性H_d遗传分化系数F_ST、核苷酸多样性P_i、G_ST以及π值。本发明有利于大

来源网站：

中国工程科技知识中心

来源网址：

http://www.ckcest.cn/home/