本发明公开了可特异性清除髓鞘组织的转基因斑马鱼及其制备方法和应用,其中制备方法包括:将重组质粒mbp-nfsB-EGFP与Tol2转座酶mRNA共同导入野生型斑马鱼中;以及培养获得稳定遗传的转基因斑马鱼品系,所述稳定遗传的转基因斑马鱼品系即为可特异性清除髓鞘组织的转基因斑马鱼,其中,所述重组质粒mbp-nfsB-EGFP中携带的mbp基因启动子的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。利用该方法能够有效制备获得可特异性清除髓鞘组织、引起髓鞘脱失且能够稳定遗传的转基因斑马鱼,并且在甲硝唑的作用下,该转基因斑马鱼幼鱼的少突胶质细胞可以被特异性清除,使其出现髓鞘脱失的病理改变,并伴有运动功能下降,进而,该转基因斑马鱼能够为活体研究髓鞘损伤与再生的调控机制,以及相关药物筛选提供有力的动物模型。