本发明公开了一种与菠菜雄性紧密连锁的SSR标记SP_SSR19及其在菠菜性别鉴定中的应用,属于分子生物学技术领域。本发明的技术方案要点为:一种与菠菜雄性紧密连锁的SSR标记SP_SSR19,该SSR标记SP_SSR19通过以下特异引物对扩增获得,其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示,在菠菜雄株中扩增出178bp的特异条带,在菠菜雌株中无扩增产物,所述特异引物对为:上游引物:5’‑GGTACTGGTTAGGGCTCTGG‑3’;下游引物:5’‑CATCTGGTCATCCGATGTGA‑3’。利用本发明提供的分子标记不但可以用来对菠菜栽培种进行早期性别鉴定,也可以应用到对菠菜野生种早期性别鉴定工作中,提前对菠菜雌、雄株进行筛选,大大提高育种效率,在菠菜生产实践、育种中具有重要的价值。