本发明公开了番茄miR156e‑3p基因及其在植物低温抗性中的应用和植物过表达载体。所述的参与番茄低温调控的基因miR156e‑3p,其成熟体序列如SEQ ID NO.1所示,前体序列为SEQ ID NO.2所示。通过转基因手段构建番茄miR156e‑3p过表达植株和基因沉默植株,调控所述基因miR156e‑3p的表达水平来研究其对番茄低温抗性的调控机制。结果发现,miR156e‑3p基因沉默植株可以提高番茄的低温抗性,过表达植株的低温抗性降低。本发明为培育耐低温番茄新品种提供了基因资源,具有较好的潜在应用价值,为研究番茄植物应答逆境信号的机制和耐受不利环境的分子机理奠定理论基础。