The present invention relates to a pharmaceutical composition for treating brain diseases using a combination therapy comprising stem cells. A pharmaceutical composition and a kit according to one aspect of the present invention, can improve transplantation of stem cells inside the brain through the blood-brain barrier with enhanced permeability through paracrine effects due to stem cell constituents or secreted stem cell factors, regulates immunity and promotes the regeneration of blood vessels and neurons inhibits the blood-brain barrier release of various factors beneficial to nerve regeneration, which include stem cells, stem cell constituents, and secreted stem cell factors or has a drug directly activate the regeneration of nerves and blood vessels, and thus may be beneficially used in the treatment of brain diseases.줄기세포를 포함하는 병용 용법을 이용한 뇌질환 치료용 약학적 조성물에 관한 것으로, 일 양상에 따른 약학적 조성물 및 키트에 의하면, 투과도가 증가된 뇌혈관장벽을 통하여 줄기세포의 뇌 내의 생착이 향상되고, 줄기세포 구성성분 혹은 분비물에 의한 paracrine effect로 인해서, 면역이 조절되고, 혈관, 및 신경재생이 촉진될 뿐만 아니라, 줄기세포, 줄기세포 구성성분, 줄기세포 분비물을 포함한 신경재생에 도움이 되는 다양한 인자들의 뇌혈관장벽의 배출을 억제시켜 혹은 직접적으로 약물이 신경 및 혈관재생을 활성화시켜, 뇌질환의 치료에 유용하게 사용될 수 있는 효과가 있다.