The main object of the present invention is to provide a biomarker capable of accurately evaluating an autoimmune disease. The above-mentioned problem is solved by a biomarker for autoimmune disease comprising mitochondrial DNA contained in a biological fluid. The present invention also provides a diagnostic kit including a reagent capable of detecting the biomarker, a method for detecting an autoimmune disease in the test animal based on the amount of the biomarker in the serum of the test animal, and the like.本発明は、自己免疫疾患を正確に評価することが可能なバイオマーカーを提供することを主な課題とする。前記課題は、生体体液中に含まれるミトコンドリアDNAからなる、自己免疫疾患のバイオマーカーにより解決される。また、本発明は、当該バイオマーカーを検出可能な試薬を含む診断キット、被検動物の血清中の当該バイオマーカー量に基づいて被検動物の自己免疫疾患を検出する方法等を提供する。