The present invention discloses a method for diagnosing Irritable Bowel Syndrome (IBS) in a test sample by determining the level of several bacterial taxa in the test sample, comparing this level with the levels of those bacterial taxa in a control sample, and relating the level to a diagnosis of IBS. Additionally, the present invention provides a method for treatment of IBS based on said diagnosis. Also, the invention provides a method for subtyping IBS in a test sample.La présente invention concerne un procédé de diagnostic du syndrome du côlon irritable (SCI) dans un échantillon de test par détermination du niveau de plusieurs taxons bactériens dans léchantillon de test, par comparaison de ce niveau aux niveaux des taxons bactériens dans un échantillon témoin, et par association du niveau à un diagnostic de SCI. La présente invention concerne en outre un procédé de traitement du SCI basé sur ledit diagnostic. La présente invention concerne également un procédé de sous-typage du SCI dans un échantillon de test.