本发明提供一种通用型猪大肠杆菌病疫苗及其制备方法,属于动物细菌基因工程技术领域。所述疫苗,含有如下抗原:由周质伴侣蛋白Skp、MltA‑相关蛋白MipA和长链脂肪酸外膜转运蛋白Lomt形成的融合蛋白、不耐热肠毒素的B亚基和志贺毒素2e的B亚基,所述抗原的序列分别如SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示。本发明通用型猪大肠杆菌病疫苗免疫后,可以使动物产生较高的IgG和IgA抗体水平,抗体持续期超过120天。本发明疫苗免疫后,能够同时保护ETEC F4、F5、F6、F41和O139的攻击,保护率均为100%,且无腹泻现象发生,与现有疫苗相比,保护范围显著扩大。