A sterilizing apparatus using microwaves is provided to allow complete and rapid sterilization of pathogens and bacterial with simple and easy manipulating method and to reduce the cost for its establishment and maintenance. A sterilizing apparatus using microwaves includes: a main body(10) having a sterilization room(12) to be opened and closed by a door(11); a dispersing member to disperse microwaves evenly inside the sterilization room(12); and a magnetron(30) to generate microwaves, which is established on the outer marginal side of a wave guide passing through the both side walls and the dispersing member.본 발명은 도어로 개폐되는 멸균실의 내부에 멸균 멸균대상물을 수용시킨 다음 마이크로파를 이용하여 병균이나 세균 등을 완전히 멸균시켜 주도록 하는 멸균기에 관한 것으로서,전면이 도어(11)에 의해 개폐되는 멸균실(12)을 구비하는 기체(10)와, 상기 멸균실의 양측 벽(121)의 내측에 설치되어 마이크로파가 입사되면 내부 전체로 고르게 분산시켜 주는 분산부재(20)와, 상기 멸균실의 내부로 마이크로파를 공급하게 양측 벽과 분산부재의 해당 부분을 관통하여 착설되는 도파관(31)의 외단측에 설치되며 동작되면 마이크로파를 발진하는 마그네트론(30)을 포함하여 구성되는 것을 특징으로 한 것이다.