本发明涉及植物基因工程领域。具体涉及一种促进水稻磷吸收基因Osa-miR399k的分离克隆、功能验证及应用。所述的Osa-miR399k的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明克隆的Osa-miR399k是基因家族Osa-miR399的11个成员之一,该基因家族在水稻基因组中有多个同源基因Osa-miR399a---Osa-miR399k,其与拟南芥ath-miR399基因属于同一基因家族miR399。Osa-miR399家族基因具有提高水稻磷吸收功能,通过基因工程技术提高Osa-miR399家族基因在水稻中的表达量来促进植物对磷的吸收,从而减少磷肥的施用量,有利于植物在低磷土地上生长。