本发明涉及基因工程重组型褐藻胶裂解酶在制备系列寡糖产物中的应用。M‑专一性褐藻胶裂解酶在降解底物生成系列不饱和寡糖产物中的应用;所述重组褐藻胶裂解酶为褐藻胶裂解酶Pae‑rEAlgL,氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,或者,所述重组褐藻胶裂解酶为褐藻胶裂解酶Avi‑rEAlgL,氨基酸序列如SEQ ID NO.4所示。褐藻胶裂解酶Pae‑rEAlgL和Avi‑rEAlgL是M专一性的内切型褐藻胶裂解酶,是一种高效的制备富G段寡糖的工具酶。褐藻胶裂解酶Pae‑rEAlgL和Avi‑rEAlgL具有适冷特性和广泛的pH稳定性,有望成为用于治疗囊性纤维病的酶制剂。