Disclosed in the present invention are a fermented oriental medicinal pill (Gongjindan) composition capable of improving an absorption ratio in bowels and a method for preparing the same. The fermented Gongjindan composition comprises extracts of fermented deer antlers, musk, Korean angelica and Cornus officinalis S. et Z. as active ingredients. The method for preparing a fermented Gongjindan composition comprises the steps of: mixing Cornus officinalis S. et Z., deer antlers, Korean angelica and musk with natural honey; fermenting the mixed materials; measuring and verifying the fermented materials; and packaging the measured and verified raw materials with gold foil for protecting pharmaceutical effects. According to the fermented Gongjindan composition and the method for preparing the same, it is possible to improve the absorption ratio in the bowels to allow Gongjindan to show unique effects thereof sufficiently. In other words, it is possible to obtain effects of anti-fatigue, protecting the liver and bowels, enhancing immunity and antioxidant activity, improving anticancer activity and enhancing intestinal lactobacillus.장에서의 흡수율을 향상시킬 수 있는 발효 공진단 조성물 및 그 제조방법이 개시된다. 발효 공진단 조성물은 발효 녹용, 사향, 당귀 및 산수유 추출물을 유효성분으로 포함한다. 발효 공진단 조성물의 제조방법은, 산수유, 녹용, 당귀, 사향을 천연꿀과 배합하는 단계, 배합한 원료를 발효하는 단계, 발효된 원료를 정량 검품하는 단계, 및 정량 검품된 원료를 약효 보호용 금박으로 포장하는 단계를 포함한다. 발효 공진단 조성물 및 그 제조방법을 이용하면, 장에서의 흡수율을 향상시켜 공진단 본연의 효능을 충분히 발휘할 수 있는 효과를 얻을 수 있다. 즉, 항피로 및 간장 보호 효과, 면역증강 및 항산화증강 효과, 항암효과를 증강하는 효능 및 장 내 유산균을 증강하는 효능을 얻을 수 있다.