PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an endoscope system and operation method thereof capable of improving color separation property and visibility of the surface-layer blood vessel in narrow band imaging.SOLUTION: A light source device simultaneously generates purple narrow-band light and green narrow-band light. A complementary color type imaging device of a complementary color type endoscope outputs first to fourth mixed pixel signals. A complementary-color second processing part 42 causes a matrix arithmetic part 46 to execute matrix operations of the first to fourth mixed pixel signals to generate first to second display signals D1 and D2. A mixed color correction part 48 corrects the first and second display signals D1 and D2 on the basis of relational expressions of "D1'=D1-K×D2" and "D2'=D2-K×D1". Where, Krepresents a ratio of a signal value of the second display signal to that of the first display signal when independently applying only the purple narrow-band light thereto, and Krepresents a ratio of the signal value of the first display signal to that of the second display signal when independently applying only the green narrow-band light thereto.【課題】狭帯域光観察において色分離性及び表層血管の視認性を向上させることを可能とする内視鏡システム及びその作動方法を提供する。【解決手段】光源装置は、紫色狭帯域光及び緑色狭帯域光を同時に発生する。補色型内視鏡の補色系撮像素子は、第1~第4混合画素信号を出力する。補色用第2処理部42では、マトリクス演算部46により、第1~第4混合画素信号がマトリクス演算され、第1及び第2表示用信号D1,D2が生成される。そして、混色補正部48により、第1及び第2表示用信号D1,D2が、「D1’=D1-K2×D2」、「D2’=D2-K1×D1」の関係式に基づいて補正される。ここで、K1は、紫色狭帯域光のみを独立照射した場合における第1表示用信号に対する第2表示用信号の信号値の比である。K2は、緑色狭帯域光のみを独立照射した場合における第2表示用信号に対する第1表示用信号の信号値の比である。【選択図】図13