本发明涉及一种枸杞番茄红素ε-环化酶基因及包括该基因的重组载体。该基因选自以下核苷酸序列之一:1)具有序列SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列;2)序列SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的70%的同源序列或者其等位基因及其衍生的核苷酸序列。通过提取新鲜枸杞叶片总RNA,用3'RACE技术克隆了枸杞番茄红素ε-环化酶基因LmLcyE,得到完整的基因序列为1569。构建了大肠杆菌表达载体pET28a-LmLcyE,应用大肠杆菌异源表达系统,对克隆的枸杞异戊二烯焦磷酸异构酶基因LmLcyE编码的酶活性进行了鉴定,枸杞番茄红素ε-环化酶基因LmLcyE能够催化番茄红素环化为δ胡萝卜素,使代谢向下游流动,提高α-类胡萝卜素含量。