本发明涉及一种鉴别野生长江蟹与野生合浦蟹的方法,该方法包括以下步骤:(1)分别提取野生长江蟹的DNA和野生合浦蟹的DNA;(2)利用鉴别引物分别PCR扩增提取的野生长江蟹的DNA和野生合浦蟹的DNA,所述鉴别引物的正向和反向引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示;(3)对所述扩增产物进行电泳检测,当所述扩增产物具有145bp的特异性条带时,表示待测蟹为野生合浦蟹,当所述扩增产物不具有145bp的特异性条带时,表示待测蟹为野生长江蟹。本发明的方法具有准确性高、稳定性强、灵敏度高和重复性好的优点,并且可以对不同规格大小的河蟹进行鉴定,从而避免了形态学上只有河蟹规格足够大才能鉴定的缺陷。