本发明涉及植物基因工程领域,旨在提供一种水稻根长发育控制基因OsSPR1编码的蛋白质,以及编码该蛋白质的基因。该蛋白质具有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列,该基因具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。本发明利用一个短不定根及短侧根水稻突变体为研究材料,确定该基因参与调控水稻根长的发育。该基因的功能缺失突变体表现为叶片铁含量减少,根中铁的含量和野生型是一致的。而恢复该基因的表达则能恢复叶片中铁的含量。表明该基因能调控叶片中铁的含量。本发明提供了水稻根系生长发育以及铁离子体内转运的分子调控机制,并为通过基因工程手段调控水稻根系结构及铁的含量提供了基础。