Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Reinigen und Desinfizieren von medizinischen Instrumenten, bei dem mindestens die wasserführenden Programmabschnitte Vorspülen und Reinigen in einem Spülbehälter einer programmgesteuerten Spülmaschine durchgeführt werden, wobei beim Reinigen eine Flüssigkeit auf eine Temperatur zwischen 40°C und 60°C, vorzugsweise 55°C aufgeheizt wird, der als Behandlungsmittel ein alkalischer Reiniger derart zudosiert wird, dass sich ein pH-Wert zwischen 8,5 und 12 einstellt. Um eine Optimierung der Instrumentenreinigung mit sicherer Beseitigung vernetzter, schwer löslicher und proteinhaltiger Anschmutzungen von der Instrumentenoberfläche bei materialschonenden Bedingungen zu schaffen sowie möglicherweise vorhandene Prionproteine zu zerstören, wird vorgeschlagen, dass der Programmabschnitt Reinigen in zwei Teilabschnitte unterteilt ist, wobei zwischen dem ersten und dem zweiten Teilabschnitt ein Wechsel der Reinigungsflüssigkeit stattfindet, und wobei im zweiten Teilabschnitt der Flüssigkeit zusätzlich zum alkalischen Reiniger eine niedermolekulare Peroxidverbindung zudosiert wird.Method for cleaning and disinfecting medical instruments in a programmable washing machine comprises a prewash step and a cleaning step which is (new feature) divided into two parts. Method for cleaning and disinfecting medical instruments in which at least the prewash stage and cleaning stage are done in a programmable washing machine, where, in the cleaning stage, a liquid is heated to 40-60, preferably 55, [deg]C and an alkaline cleaner (I) is added as treatment agent to provide pH 8.5-12. The new feature is that the cleaning stage is divided into two parts, with the cleaning liquid exchanged between the two parts and a low molecular weight peroxide compound (II) is added, in addition to (I), in the second part.