Methods of culturing microorganisms in non-axenic mixotrophic conditions are disclosed. A method of culturing microalgae mixotrophically and controlling bacterial contamination with an acetic acid/pH auxostat system is specifically described. Methods of culturing microalgae mixotrophically with an increased productivity through an increase in oxygen transfer to the culture, and controlling bacterial contamination with an oxidative agent are also described.L'invention concerne des procédés de culture de microorganismes dans des conditions mixotrophes non axéniques. Un procédé de culture de micro-algues en mode mixotrophe et de lutte contre la contamination bactérienne avec un système acide acétique/pH auxostat est spécifiquement décrit. L'invention concerne également des procédés de culture de micro-algues en mode mixotrophe avec une productivité accrue par une augmentation du transfert d'oxygène à la culture, et de lutte contre la contamination bactérienne par un agent oxydant.