本发明提供一种棉花抗坏血酸过氧化物酶基因APX及其应用，属于基因工程技术领域。APX基因的核苷酸序列如SEQ ID No.1或与该序列80％同源性的序列所示。本发明发现克隆的APX基因在不同棉花品种中受黄萎病菌诱导后表达有差异。在抗病品种中整体趋势表现为上调表达，而感病陆地棉品种中表现为下调表达，即其表达受到抑制；本发明构建VIGS载体PYL156‑APX，沉默棉花中的APX基因，负向验证了APX基因对棉花黄萎病具有抗性反应；同时将该基因转化烟草，正向验证了该基因对棉花黄萎病具有抗性。本发明的APX基因可用于提高作物对黄萎病菌的抗性，在作物种质资源改良、遗传育种方面具有广阔的应用前景。
