The present invention relates to a method and a system for safe operation of manufacturing equipment, which consider a working state of manufacturing equipment and the presence of an operator to enable safe operation of the manufacturing equipment. The system for safe operation of manufacturing equipment comprises: a human body detection sensor sensing a human body present inside a protective cover receiving the manufacturing equipment and an equipment control part controlling the manufacturing equipment or controlling a warning part outputting a warning signal according to a sensed result of the human body detection sensor.본 발명은 제조장비의 작동 상태 또는 작업자의 존재 여부를 고려하여 제조장비의 안전운전을 가능하게 하는 제조장비 안전운전 방법 및 시스템에 대한 것이다. 본 발명은, 제조장비를 수용하는 보호 커버 내부에 존재하는 인체를 센싱하는 인체 감지 센서 및 상기 인체 감지 센서의 센싱 결과에 따라 상기 제조장비를 제어하거나 경고 신호를 출력하는 경고부를 제어하는 장비 제어부를 포함하는 제조장비 안전 운전 시스템 및 그 운전 방법을 제공한다.