本发明提供了鸡新城疫病毒抗体水平相关的两种分子标记,分别位于SEQ ID NO:2所示序列中的第50位碱基处的G/A碱基突变,及SEQ ID NO:3所示序列中的第167位碱基处的T/C碱基突变。还提供了这两种分子标记的鉴别方法及其在鸡新城疫病毒抗体水平性状方面的分子标记辅助选择中的应用。这两种分子标记均是以鸡ROBO2基因的DNA序列为模板,选择SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3及所示的引物进行扩增。本发明所使用的检测方法准确性高、成本低。通过对上述G/A及T/C突变位点的检测,在育种过程中选择TT或者GG基因型的个体,在不影响鸡生长性状的前提下,提高鸡新城疫病毒抗体水平。