本发明公开了一种转基因番茄Zeneca B,Da,F品系的基因特异性和构建特异性的检测靶序列、质粒标准分子及其核酸检测试剂盒,该质粒标准分子为含有任一种具有碱基组成SEQ ID NO:1-3的检测靶序列。所述核酸检测试剂盒包括有:由SEQ ID NO:4-6组成、由SEQ ID NO:7-9组成、由SEQ ID NO:10-12组成。本发明成功构建了转基因番茄Zeneca B,Da,F品系的基因特异性和构建特异性质粒标准分子及其qPCR检测体系,为转基因番茄Zeneca B,Da,F品系转基因成分的监测建立了可行的可供使用的定性与定量检测体系,可对其在环境和其他番茄品系是否存在基因的逃逸等生态安全性情况进行检测。