The object of the invention is a prebiotic composition comprising calcium butyrate and magnesium butyrate and use thereof for modulation of gastrointestinal microflora. Appropriate selection of the calcium butyrate and magnesium butyrate ratio allows for an increase in the numbers or diversity of commensal bacteria residing in the digestive tract.L'invention a pour objet une composition prébiotique comprenant du butyrate de calcium et du butyrate de magnésium et son utilisation pour la modulation de la microflore gastro-intestinale. La sélection appropriée du rapport de butyrate de calcium et de butyrate de magnésium permet une augmentation des nombres ou de la diversité des bactéries commensales résidant dans le tractus digestif.