The invention provides methods for treating with cancer vaccines patients whose cancers undergo clonal evolution. The invention makes use of a series of cancer vaccines to stimulate a patient s immune system to mount both a humoral and cellular immune response against cancer cells as cancer-specific antigens on the cancer cells change by clonal evolution. Vaccines used in the invention are derived from antigens unique to the cancer. In one aspect of the invention, such unique antigens are determined by generating sequence-based profiles of cancer related nucleic acids. In some embodiments, cancer antigens may be identified in sequence-based profiles of exon sequences from a sample suspected of containing cancer cells in other embodiments in which lymphoid or myeloid cancers are being treated, cancer antigens may be identified in sequence-based clonotype profiles.Cette invention concerne des méthodes pour traiter des patients dont les cancers subissent une évolution clonale à laide de vaccins anticancéreux. Linvention utilise une série de vaccins anticancéreux pour stimuler le système immunitaire du patient et monter une réponse à la fois humorale et cellulaire contre les cellules cancéreuses sous forme dantigènes spécifiques du cancer tenant compte de la variation des cellules cancéreuses par évolution clonale. Les vaccins utilisés dans linvention sont dérivés dantigènes uniques vis-à-vis du cancer. Selon un aspect de linvention, ces antigènes uniques sont déterminés par génération de profils à base de séquences des acides nucléiques liés au cancer. Dans certains modes de réalisation, les antigènes anticancéreux peuvent être identifiés dans des profils à base de séquences constitués des séquences dexons dun échantillon suspecté de contenir des cellules cancéreuses dans dautres, destinés à traités des cancers lymphoïdes ou myéloïdes, les antigènes anticancéreux peuvent être identifiés dans des profils clonotypiques à base de séquences.
