本发明“黄瓜抗西瓜花叶病毒病基因wmv的Indel标记及其应用”,涉及生物技术辅助育种领域。黄瓜西瓜花叶病毒病(WMV)抗性基因wmv紧密连锁的Indel标记,其中所述标记的引物的核苷酸序列为:wmvIndel3-F/wmvIndel3-R:AGGGTATCTTTGGATGTCAGAA/TGTGTTGTGTAGTGTAGGAAGG;所述Indel标记扩增的与黄瓜WMV感病基因WMV连锁的特征条带为173bp,核苷酸序列见Seq ID No.1;所述Indel标记扩增的与黄瓜WMV抗病基因wmv连锁的特征条带为169bp,核苷酸序列见Seq ID No.2所示;采用本发明获得的Indel标记,可以在黄瓜候选材料的任何阶段判断其是否对WMV具有抗性,该标记具有高效、限制少的优点,对选育抗WMV的黄瓜育种材料提高了效率,缩短了育种周期。