PROBLEM TO BE SOLVED: To increase the efficiency of electrodialysis by improving the organic contamination resistant property of cation exchange membranes in a method of producing peptides comprising desalting and purifying peptides containing salts by electrodialysis.SOLUTION: In a method of producing peptides comprising desalting and purifying peptides containing salts by electrodialysis, a cation exchange membrane is used, the cation exchange membrane containing a polyvinyl alcohol copolymer that contains an anionic polymer segment having an anionic group, and a vinyl alcohol polymer segment, and the cation exchange membrane having a microphase-separated structure whose domain size (X) is in the range of 0 nm<;X&le;150nm. There is also provided a pharmaceutical composition comprising peptides obtained by the producing method.【課題】塩含有ペプチドを電気透析により脱塩・精製するペプチドの製造方法において、陽イオン交換膜の耐有機汚染性の向上による電気透析の効率を高める。【解決手段】塩含有ペプチドを電気透析処理により脱塩して精製するペプチドの製造方法において、陽イオン交換膜として、アニオン性基を有するアニオン性重合体セグメントとビニルアルコール重合体セグメントを有するポリビニルアルコール系共重合体を含有し、ドメインサイズ(X)が、0nm<X≦150nmの範囲内にあるミクロ相分離構造を有する陽イオン交換膜を用いることを特徴とするペプチドの製造方法、および該製造方法により得られたペプチドを含む医薬組成物。【選択図】なし