The present invention relates to a soluble fragment of influenza virus RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 and variants thereof, and to a crystallized complex thereof comprising an RNA cap analogue. The present invention also relates to a computerized method of screening and designing compounds that interact with RNA cap binding pocket using the structural coordinates of the complex. In addition, the present invention preferably binds to a PB2 polypeptide fragment comprising an RNA cap binding pocket by using the PB2 polypeptide fragment in a high-speed setting, and preferably inhibits interaction with an RNA cap or an analogue thereof To a method for identifying a compound. The present invention also relates to a compound for treating a disease state due to a viral infection caused by a negative-sense single strand RNA virus, and a pharmaceutical composition comprising the identified compound.본 발명은 인플루엔자 바이러스 RNA 의존적 RNA 폴리머라제 서브유니트 PB2 및 그의 변이체의 가용성 단편, 및 RNA 캡 유사체를 포함하는 그의 결정화된 컴플렉스에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 상기 컴플렉스의 구조 좌표를 사용하여 RNA 캡 결합 포켓과 상호작용하는 화합물을 스크리닝하고, 디자인하는 컴퓨터적 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 바람직하게는 고속 세팅으로, 상기 PB2 폴리펩타이드 단편을 사용함으로써 RNA 캡 결합 포켓을 포함하는 PB2 폴리펩타이드 단편에 결합하며, 바람직하게는 RNA 캡 또는 그의 유사체와의 상호작용을 억제하는 화합물을 확인하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 네가티브-센스 단일 스트랜드 RNA 바이러스에 의해서 야기된 바이러스 감염에 기인한 질병 상태를 치료하기 위한 화합물, 및 확인된 화합물을 포함하는 약제학적 조성물에 관한 것이다.
