Problem to be solved: to provide an endoscope apparatus capable of switching a plurality of observation modes according to the purpose, an operation method and an operation program.The control section 44 controls the bias voltage to the first voltage V1 in the state where illumination light including R light, G light and B light is emitted to the observation section, and controls the bias voltage to the second voltage V2 in the state where the illumination light including IR light is emitted to the observation section.The signal processing section 42 processes the color image pickup signal read from the signal readout circuit 250 in the state where the bias voltage is controlled to the first voltage V1, generates the image pickup image data of the color, and the signal readout circuit in the state in which the bias voltage is controlled to the second voltage A fluorescent image pickup image signal read from 250 is processed to generate fluorescent color image data.Selection diagram【課題】目的に応じた複数の観察モードの切替が可能な内視鏡装置とその作動方法及び作動プログラムを提供する。【解決手段】制御部44は、被観察部位にR光とG光とB光を含む照明光を出射させている状態ではバイアス電圧を第一の電圧V1に制御し、被観察部位にIR光を含む照明光を出射させている状態ではバイアス電圧を第二の電圧V2に制御する。信号処理部42は、バイアス電圧が第一の電圧V1に制御されている状態で信号読み出し回路250から読み出されたカラー撮像画像信号を処理してカラーの撮像画像データを生成し、バイアス電圧が第二の電圧V2に制御されている状態で信号読み出し回路250から読み出された蛍光撮像画像信号を処理して蛍光色の撮像画像データを生成する。【選択図】図11