The present invention relates to a red pepper powder sterilization system, including a step of spraying a red pepper seed solution to red pepper powder from which iron components have been removed by a second sterilization part so as to sterilize microorganisms remaining in the red pepper powder. Red pepper seeds removed from a red pepper seed removal part is processed into the red pepper seed solution in a red pepper seed solution extraction/storage part so as to be used to sterilize the red pepper powder.본 발명은 고춧가루 살균 시스템에 관한 것으로, 제2 살균부에 의해 철성분이 제거된 고춧가루에 고추씨액을 분사시켜 고춧가루에 잔류하는 미생물을 살균하는 단계를 포함하며, 고추씨 제거부에서 제거된 고추씨가 고추씨액 추출/저장부에서 고추씨액으로 제조되어 고춧가루의 살균에 이용되는 것을 특징으로 한다.
