The present invention relates to a natural seasoning agent and a preparing method thereof. With respect to 100 parts by weight of Anadara broughtonii byproduct powder, the natural seasoning agent includes: 41 to 46 parts by weight of Saccharina japonica powder; 53 to 60 parts by weight of Engraulis japonicas powder; 25 to 32 parts by weight of shrimp powder; 10 to 12 parts by weight of salt; 11 to 17 parts by weight of garlic powder; and 30 to 35 parts by weight of Lentinula edodes powder. According to the present invention, the method for preparing the natural seasoning agent includes the steps of: (a) mixing the above-described ingredients in accordance with the ratio; (b) grinding the mixture of the ingredients in step (a) into fine particles through a blender and uniformly mixing the ingredient powder; and (c) collecting the natural seasoning agent in the form of fine powder after putting the mixed ingredient powder ground in step (b) through a sieve.본 발명에 따른 천연조미료는 피조개 부산물 분말 100 중량부에 대하여 다시말 분말 41∼46 중량부, 멸치 분말 53∼60 중량부, 새우 분말 25∼32 중량부, 소금 10∼12 중량부, 마늘 분말 11∼17 중량부 및 표고버섯 분말 30∼35 중량부의 비율로 혼합되어 조성되어진다. 그리고, 본 발명에 따른 천연조미료의 제조방법은 (a) 피조개 부산물 분말 100 중량부에 대하여 다시말 분말 41∼46 중량부, 멸치 분말 53∼60 중량부, 새우 분말 25∼32 중량부, 소금 10∼12 중량부, 마늘 분말 11∼17 중량부 및 표고버섯 분말 30∼35 중량부의 비율로 혼합하는 단계; (b) 단계(a) 과정에서 혼합된 혼합원료 분말을 분쇄기를 통해 작은 입자로 분쇄하는 가운데 각 원료 분말을 균일하게 혼합하는 단계; 및 (c) 단계(b) 과정에서 분쇄된 혼합원료 분말을 체로 일정 크기 이상의 분말이나 이물질을 제거하여 체를 통과한 고운 분말의 천연조미료를 수득하는 단계를 포함한 구성으로 이루어진다.