本发明提供了一种水稻胚乳不表达启动子SAFES2及其分离方法与应用。本发明的发明人发现、提取并鉴定了日本晴水稻中一段具有转录调控活性的DNA序列，命名为启动子SAFES2或SAFES2。该启动子的核苷酸序列为序列表中SEQ ID No.1中所示序列或为该序列的同源衍生物。本发明利用作物双元表达载体pCAMBIA1391，将启动子SAFES2构建于GUS报告基因上游，构建重组表达载体，通过农杆菌介导转化水稻愈伤组织再生水稻植株，GUS染色实验证实该启动子是胚乳不表达启动子。采用本发明的启动子与具有提高植株生长特性的基因配合使用，可以在提高植株根、茎、叶等躯干部位性状的同时，避免对植株胚乳部分带来任何不良影响，具有显著的应用价值和远期前景。
