Disclosed are a bio sterilization system for a vehicle and a sterilization method thereof. Automotive bio sterilization system of the present invention can sterilize the microorganisms existing in the air inside the vehicle by using ultraviolet rays and may be provided with a separate chemical agent filter to purify the chemical agent. In particular, when a special sterilization-event occurs, the system of the present invention can quickly switch the air conditioning mode of the vehicle to the internal circulation mode to purify the air pollution quickly.자동차용 바이오 살균 시스템 및 그 살균방법이 개시된다. 본 발명의 자동차용 바이오 살균 시스템은 자외선을 이용하여 자동차 내부 공기 중에 존재하는 미생물을 살균하고 별도의 화학작용제필터를 구비하여 화학 작용제를 정화할 수 있다. 특별히 특별살균-이벤트가 발생하면, 본 발명의 시스템은 자동차의 공조 모드를 내부순환모드로 강제 전환하여 신속하게 공기 오염을 정화할 수 있다.