本发明公开了一种用于区分梨品种的RAPD引物及其应用,属于分子生物学分子标记领域。该方法通过设计筛选出的3个RAPD随机引物,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1~3所示,用于扩增未知品种的梨的DNA,通过统计凝胶电泳后的谱带,区分出具有唯一特异性谱带的品种,并建立被区分品种的树形鉴别图。本发明的引物提高了RAPD反应的稳定性,操作简便,高效准确,节省引物,仅通过3次PCR就可轻松的将“玉露香”等22个梨品种在分子水平上进行快速区分,所得到的品种鉴定图比聚类树更具有直观性,即根据品种鉴定图就可以快速找出能区分任意两个品种的引物,该方法可以实现梨苗木的早期鉴定,在其他物种上也具有广泛的通用性。