The present description relates to a disinfection system (300) configured to implement a cycle for disinfecting a medical instrument (200) by UV radiation. The disinfection system (300) includes a disinfection chamber (310) configured to receive at least one portion of the medical instrument (200), a suspension means (320) for suspending said at least one portion of the medical instrument (200) in said disinfection chamber (310), a detection device (330) configured to detect, in a predetermined detection area of the disinfection system (300), a marker (210) rigidly connected to said medical instrument (200), and a controller (370) configured to generate a signal of no detection in the event that said marker (210) is not detected in said predetermined detection area.La présente description a pour objet un système de désinfection (300) configuré pour mettre en œuvre un cycle de désinfection d'un instrument médical (200) par rayonnements UV. Le système de désinfection (300) comprend une chambre de désinfection (310) configurée pour recevoir au moins une partie de l'instrument médical (200), un organe de suspension (320) permettant de suspendre ladite au moins une partie de l'instrument médical (200) dans ladite chambre de désinfection (310), un dispositif de détection (330) configuré pour détecter, dans une zone de détection prédéterminée du système de désinfection (300), un marqueur (210) solidaire dudit instrument médical (200), et un contrôleur (370) configuré pour générer un signal d'absence de détection en cas de non détection dudit marqueur (210) dans ladite zone de détection prédéterminée.