一种具有中和活性的MERS-CoV合成肽疫苗及其应用。本发明涉及一种MERS-CoV合成肽疫苗及其应用,所述肽段选自下述氨基酸序列:SEQ ID NO:1,肽段的氨基酸序列为:CALPDTPSTLTPRSVR。含有该肽段的疫苗或药物组合物,含该肽段和生理学上可接受的载体组合物、非特异性免疫反应增强剂或上述肽段的变体,所述肽段“变体”是与所述肽段区别仅在于保守性替代和/或修饰、而仍保留了肽段的抗原性和/或免疫原性特性的肽段,肽段变体与已鉴定的肽段优选有大于70%同一性。用含有该肽段作为疫苗或药物组合物可以诱导出特异性的中和抗体对中东呼吸窘迫症冠状病毒(MERS-CoV)进行中和,从而保护机体抵御MERS-CoV的感染,该MERS-CoV多肽可能成为理想的MERS-CoV预防/治疗性候选疫苗的关键组分。