本发明提供两个与大豆蛋白质含量相关的QTL、分子标记、分子标记的获得方法及其应用。QTL分别位于连锁群A2、N上,分别由分子标记Satt409、Satt584定位,分子标记Satt409的5’‑3’引物如SEQ ID NO.3所示,3’‑5’引物如SEQ ID NO.4所示;分子标记Satt584的5’‑3’引物如SEQ ID NO.5所示,3’‑5’引物如SEQ ID NO.6所示。分别以相应大豆个体基因组DNA为模板,用上述5’‑3’引物和3’‑5’引物对上述模板进行PCR扩增,将PCR扩增得到的产物经聚丙烯酰氨凝胶电泳分离后,得到目标分子标记。得到的分子标记可用于大豆分子育种。