本发明公开了一种双加氧酶基因pbaAaAbAcAd及其编码的蛋白质和应用。本发明克隆的双加氧酶基因pbaAaAbAcAd序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。其编码的双加氧酶PbaAaAbAcAd能催化3-苯氧基苯甲酸生成3-羟基苯甲酸和邻苯二酚,催化4-苯氧基苯甲酸生成4-羟基苯甲酸和邻苯二酚。PbaAaAbAcAd基因可用于构建通过降解3-苯氧基苯甲酸和4-苯氧基苯甲酸的转基因作物,也可用于土壤、水体中3-苯氧基苯甲酸和4-苯氧基残留的消除和化工产品的生物转化,具有非常重要的理论和应用价值。