Provided herein are, inter alia, methods, compositions, and systems, for detecting and treating lung dysbiosis. In aspects, included herein are methods, compositions, and systems for detecting infections (such as Aspergillus sp. infections and Mycobacterium sp. infections), or the risk thereof, as well as for treating such infections. Also provided are methods, compositions, and systems for detecting whether a subject who has pneumonia and is infected with HI has an increased risk of dying compared to a general population of subjects who have pneumonia and are infected with HIV. Methods, compositions, and systems for monitoring subjects diagnosted as having a disease or risk as disclosed herein are also included.L'invention concerne, entre autres , des procédés, des compositions et des systèmes, pour détecter et traiter une dysbiose pulmonaire. Dans certains aspects, l'invention concerne des procédés, des compositions et des systèmes pour détecter des infections (comme les infections Aspergillus sp. et les infections Mycobacterium sp.), ou leur risque, ainsi que pour traiter de telles infections. L'invention concerne également des procédés, des compositions et des systèmes pour détecter si un sujet qui a une pneumonie et est infecté par le VIH a un risque accru de mourir par rapport avec une population globale de sujets qui ont une pneumonie et qui sont infectés par le VIH. L'invention concerne également des procédés, des compositions et des systèmes de surveillance de sujets diagnostiqués comme ayant une maladie ou un risque tel que décrit ici.
