The present invention relates to fusion proteins of certain cell targeting peptides with lactic acid bacteria derived proteins or active fragments thereof. The fusion protein of the present invention has significantly improved colorectal disease therapeutic activity compared to a protein to which a specific targeting peptide is not fused. The fusion protein of the present invention can be usefully used for the treatment of colon diseases.본 발명은 특정 세포 타겟팅 펩타이드와 유산균 유래 단백질 또는 이의 활성 단편과의 융합 단백질에 관한 것이다. 본 발명의 융합 단백질은 특정 타겟팅 펩타이드가 융합되지 않은 단백질에 비해 대장 질환 치료 활성이 크게 향상된다. 본 발명의 융합 단백질은 대장 질환의 치료 용도로 유용하게 사용될 수 있다.