The present description relates to a disinfection system (300) configured to implement a disinfection cycle of a medical instrument (200). The disinfection system (300) includes a disinfection chamber (310) configured to receive at least a portion of the medical instrument (200), a detection device (330) configured to detect, within a predetermined detection area of the system. disinfection system (300), a marker (210) integral with said medical instrument (200), and a controller (370) configured to generate an absence of detection signal in the event of non-detection of said marker (210) in said detection zone predetermined. (figure 3A) La présente description a pour objet un système de désinfection (300) configuré pour mettre en œuvre un cycle de désinfection d’un instrument médical (200). Le système de désinfection (300) comprend une chambre de désinfection (310) configurée pour recevoir au moins une partie de l’instrument médical (200), un dispositif de détection (330) configuré pour détecter, dans une zone de détection prédéterminée du système de désinfection (300), un marqueur (210) solidaire dudit instrument médical (200), et un contrôleur (370) configuré pour générer un signal d’absence de détection en cas de non détection dudit marqueur (210) dans ladite zone de détection prédéterminée. (figure 3A)